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原創(chuàng)?小果?生信果

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今天在做ssGESA分析的時(shí)候發(fā)現(xiàn)，TCGA下載的基因ID為Ensembl ID,下載的基因集為Gene name,在做分析之前要做一下基因ID轉(zhuǎn)化，代碼如下：

01? 安裝需要的R包

install.packages(“tidyverse”)

02? 導(dǎo)入需要的R包

library(tidyverse)

03? 數(shù)據(jù)下載

在Xena數(shù)據(jù)庫下載表達(dá)矩陣和ID對(duì)應(yīng)表格

#表達(dá)矩陣下載

wget?https://gdc-hub.s3.us-east-amazonaws.com/download/TCGA-KIRC.htseq_fpkm.tsv.gz

#基因ID轉(zhuǎn)化列表

wget?

https://gdc-hub.s3.us-east-amazonaws.com/download/gencode.v22.annotation.gene.probeMap

04? 代碼展示

最終將Ensembl ID轉(zhuǎn)化為gene name,有需要的可以借鑒學(xué)習(xí)，在這里需要注意的是多個(gè)Ensembl ID對(duì)應(yīng)一個(gè)Gene name。

小果今天的分享就到這里。

生信人R語言學(xué)習(xí)必備

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