故事發(fā)生在小智從阿羅拉回到真新鎮(zhèn)的半年后，不喜歡劇情和CP的請勿噴哦！

? ? ? ?在關都地區(qū)的真新鎮(zhèn)上，有一位夢想成為寶可夢大師的少年，他的名字叫做小智。在他成為訓練家的那天，他因為遲到而錯過了一般訓練家領取的寶可夢。留給他的只剩下一只有問題的皮卡丘，故他只好帶走這只皮卡丘。

? ? ? ?在經(jīng)歷過烈雀事件后小智和皮卡丘成為了好朋友，而他們的修行之旅也正式開啟。這么多年下來，他們先后在關都地區(qū)、城都地區(qū)、豐緣地區(qū)、神奧地區(qū)、合眾地區(qū)、卡洛斯地區(qū)旅行，后又在阿羅拉地區(qū)上學。

? ? ? ?在修行途中小智結識了許多的伙伴。他們便是來自關都地區(qū)的小剛、小建、小霞，來自豐緣地區(qū)的小勝、小遙，來自神奧地區(qū)的小光，來自合眾地區(qū)的天桐、艾莉絲，來自卡洛斯地區(qū)的莎莉娜、希特隆、柚麗嘉，來自阿羅拉地區(qū)的卡奇、瑪奧、水蓮、莉莉艾、馬瑪內。

? ? ? ?身為一名訓練家，小智也邂逅了許多的寶可夢。

? ? ? ?在關都地區(qū)他收服到了比比鳥、臭臭泥、大鉗蟹、火暴猴、杰尼龜、卡比獸、肯泰羅、綠毛蟲、小火龍、長尾怪手、拉普拉斯、妙蛙種子，后來比比鳥進化成大比鳥、大鉗蟹進化成巨鉗蟹、綠毛蟲最終進化成巴大蝶、小火龍最終進化成噴火龍。

? ? ? ?在城都地區(qū)他收服了火球鼠、菊草葉、小鋸鱷、小小象、貓頭夜鷹、赫拉克羅斯，后來火球鼠進化成火巖鼠、菊草葉進化成月桂葉、小小象進化成頓甲。

? ? ? ?在豐緣地區(qū)他收服了傲骨燕、煤炭龜、木守宮、雪童子、龍蝦小兵，后來傲骨燕進化成大王燕、木守宮最終進化成蜥蜴王、雪童子進化成冰鬼護。

? ? ? ?在神奧地區(qū)他收服天蝎、草苗龜、姆克兒、圓陸鯊、小火焰猴，后來天蝎進化成天蝎王、草苗龜最終進化成土臺龜、姆克兒最終進化成姆克鷹、小火焰猴最終進化成烈焰猴。

? ? ? ?在合眾地區(qū)他收服到了蟲寶包、豆豆鴿、混混鱷、藍蟾蜍、暖暖豬、水水獺、石丸子、藤藤蛇、滑滑小子，后來蟲寶包最終進化成保姆蟲、豆豆鴿最終進化成了高傲雉雞、混混鱷進化成流氓鱷、暖暖豬進化成炒炒豬、石丸子進化成地幔巖。

? ? ? ?在卡洛斯地區(qū)他收服了嗡蝠、黏黏寶、小箭雀、呱呱泡蛙、摔角鷹人，后來嗡蝠進化成音波龍、黏黏寶最終進化成黏美龍、小箭雀最終進化成烈箭鷹、呱呱泡蛙最終進化成了甲賀忍蛙。

? ? ? ?在阿羅拉地區(qū)他收服到了毒貝比、火斑喵、美錄坦、木木梟、巖狗狗，后來火斑喵最終進化成熾焰咆哮虎、美錄坦進化成美錄梅塔、巖狗狗進化成鬃巖狼人。

? ? ? ?有相遇就會有離別。每當小智結束一次修行時就會和他的伙伴分開，也會因為某些緣故而放生、借出、交換自己的寶可夢。

? ? ? ? 小智因為巴大蝶要與粉色巴大蝶越洋產卵而將巴大蝶放生、因為扇斗想要把火暴猴培養(yǎng)成P1冠軍選手而將火暴猴交給扇斗、因為擔心波波和比比鳥再遭遇烈雀與大嘴雀的攻擊而將大比鳥留在常青森林保護他們。

? ? ? ?他因為拉普拉斯要回到自己同伴身邊而將拉普拉斯放生、因為杰尼龜軍團需要老大而將杰尼龜交給君莎、因為長尾怪手喜歡華麗大賽而將長尾怪手和小光的泳圈鼬進行交換、因為黏美龍想要留在濕地而將黏美龍放生。

? ? ? ?他因為基格爾德想要借助甲賀忍蛙能夠看到殘存于卡洛斯地區(qū)的負能量核心的能力而將甲賀忍蛙托付給基格爾德、因為毒貝比想要和其他的毒貝比以及四顎針龍守護究極世界而將毒貝比放生。

? ? ? ?有離別也會有重逢。小剛、小霞、小建、小遙、小光先后都與小智再度相見過。杰尼龜、黏美龍、進化后的毒貝比都回來幫助過小智完成很重要的比賽。拉普拉斯和小智再次玩耍過、擊敗火箭隊過，并且成為族群的新隊長。

? ? ? ?這一路走來，小智獲得了不少的成就。

? ? ? ?在關都地區(qū)取得了灰色徽章、藍色徽章、橙色徽章、金色徽章、彩虹徽章、粉紅徽章、深紅徽章、綠色徽章后他參加了關都聯(lián)盟石英大會，拿到了16強的成績。

? ? ? ?在城都地區(qū)取得了飛翼徽章、昆蟲徽章、標準徽章、魅影徽章、打擊徽章、鋼鐵徽章、冰凍徽章、升龍徽章后他參加了城都聯(lián)盟白銀大會，拿到了8強的成績。

? ? ? ?在豐緣地區(qū)取得了巖石徽章、拳擊徽章、電力徽章、烈焰徽章、天秤徽章、白羽徽章、心靈徽章、雨滴徽章后他參加了豐緣聯(lián)盟彩悠大會，拿到了8強的成績。

? ? ? ?在神奧地區(qū)取得了石炭徽章、森林徽章、鋪石徽章、濕地徽章、遺跡徽章、礦山徽章、冰河徽章、燈塔徽章后他參加了神奧聯(lián)盟鈴蘭大會，拿到了4強的成績。

? ? ? ?在合眾地區(qū)取得了三元徽章、基礎徽章、甲蟲徽章、伏特徽章、震動徽章、噴射徽章、冰柱徽章、毒性徽章后他參加了合眾聯(lián)盟檜垣大會，拿到了8強的成績。

? ? ? ?在卡洛斯地區(qū)取得了蟲子徽章、巖壁徽章、戰(zhàn)斗徽章、植物徽章、電壓徽章、妖精徽章、靈力徽章、冰山徽章后他參加了卡洛斯聯(lián)盟密阿雷大會，成為了亞軍。

? ? ? ?在阿羅拉地區(qū)通過了諸島巡禮，從考驗中得到了一般Z與草Z、從大考驗中得到了電Z、巖石Z、鬃巖狼人Z、鋼Z。后來他參加了阿羅拉的首屆聯(lián)盟瑪納羅大會，并贏得了冠軍。

? ? ? ?此外，關都聯(lián)盟石英大會結束后小智還去挑戰(zhàn)了橘子群島的南十字星，得到櫻花徽章、白浪徽章、輪寶徽章、琉璃徽章后參加了橘子聯(lián)盟，并成為名譽訓練家。豐緣聯(lián)盟彩悠大會結束后他又去挑戰(zhàn)了關都地區(qū)的對戰(zhàn)開拓區(qū)，最后拿到了所有的開拓象征。

? ? ? ?此刻小智與皮卡丘正躺在真新鎮(zhèn)的山坡上仰望天空。“總有一天，我要實現(xiàn)自己的夢想，成為寶可夢大師！”“皮卡！”