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微生物多樣性“全新”升級——“ASV”質的飛躍

2023-05-23 15:06 作者:中科新生命  | 我要投稿


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近年來,微生物群落的組成和多樣性研究逐漸成為農(nóng)業(yè)及醫(yī)學科研熱點,越來越多的研究開始致力將微生物多樣性作為基礎研究。因此,微生物多樣性的數(shù)據(jù)分析也被越來越多的研究者所關注和學習。為助力廣大微生物領域的科研工作者,中科新生命《微生物多樣性v2.0》全新起航,接下來,讓我們一睹新流程的獨特風采吧。

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特征提取更新?lián)Q代

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提高樣本的物種注釋率

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16s/18s功能預測新利器

PICRUSt2(Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of Unobserved States)是基于群落標記基因序列豐度預測菌群功能豐度的軟件,諸如KEGG同源基因,COG同源蛋白簇。相對PICRUSt1,PICRUSt2進行了以下提升:

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數(shù)據(jù)庫規(guī)模

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PICRUSt2算法邏輯圖


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真菌ITS到功能分類“神器”

我們使用FUNGuild數(shù)據(jù)庫,完成真菌ITS從特征序列到功能注釋的跨越。其涵蓋了超過12000個真菌的功能注釋信息。根據(jù)營養(yǎng)方式分為三類:

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FUNGuild預測結果


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差異分析更加豐富

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基于三種距離算法的差異分析

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STAMP分析結果

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LEfSe分析結果


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中科新生命《微生物多樣性v2.0》,全流程QIIME2分析,內容包括 ASVs分析及物種注釋、α-多樣性、β-多樣性、物種差異與標志物種分析、組間群落結構差異顯著性檢驗、環(huán)境因子關聯(lián)分析以及功能預測等,技術路線如下:

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