根據(jù)污水處理的原理，可以分為化學消毒污水處理系統(tǒng)、熱力消毒污水處理系統(tǒng)及混合型污水處理系統(tǒng)。實驗室應在風險評估的基礎上選擇適當類型的污水處理系統(tǒng)，并對污水處理系統(tǒng)的處理效果進行風險再評估。

實驗室污水處理系統(tǒng)最好選擇經過效果驗證的商品化設備，否則實驗室應對污水處理系統(tǒng)的消毒效果進行驗證。實驗室污水處理系統(tǒng)與實驗室污水源要實現(xiàn)可靠連接，要盡可能減少連接系統(tǒng)內殘留的污水量，并有效控制污水收集系統(tǒng)對實驗室的可能影響。實驗室污水處理系統(tǒng)在消毒處理時，不得影響實驗室的正常功能. 經污水處理系統(tǒng)處理完畢的污水，應符合《病原微生物實驗室污染物排放標準》中規(guī)定的污水排放限值，并按要求定期進行監(jiān)測。

實驗室對污水處理系統(tǒng)的運行狀況和運行效果，應每年進行評估，并適當進行驗證。實驗室應有污水處理系統(tǒng)運行的標準操作規(guī)程。實驗室安全主管應制定檢測、驗證計劃，保存污水處理系統(tǒng)評估、運行、監(jiān)測、驗證的完整記錄。污水處理系統(tǒng)應張貼檢查合格證明的標示，至少包括系統(tǒng)編號、狀態(tài)、檢查驗證時間、下次檢查驗證時間、設備負責人。對不合格的設備應立即停止使用。對于商品化的污水處理系統(tǒng)，實驗室不得擅自進行改裝；改裝后的系統(tǒng)要進行驗證。