利用Hi-C 技術(shù)測序時，首先空間上距離相近的染色質(zhì)被甲醛分子固定在一起，

然后染色體上的序列被特定的限制性內(nèi)切酶剪切，產(chǎn)生的切割位點通過連接酶連

接并進行標(biāo)記，然后 DNA 分子經(jīng)純化、獲取被標(biāo)記位點的序列，最后經(jīng)二代高通量測序就可以獲得標(biāo)記位點的序列（圖 1-5）[1]。

通過Hi-C 測序技術(shù)可以獲得同一染色體上位置相鄰較遠（如 1 Mb）的測序

序列對[2]，也可以獲得位于不同染色體上的測序序列對。通過 Hi-C 技術(shù)測得的測序序列對具有兩個基本特性：

（1）同一染色體上的測序序列對的交互頻率隨著距離增加遞減，此處交互頻率指的是兩處酶切位點被連接酶連接的頻率。

（2）同一染色體上的測序序列對的交互頻率顯著大于來自不同染色體上測序序列對的交互頻率[3]。

規(guī)律（1）可以用于對重疊群進行定序和定向；

規(guī)律（2）可以用于對單倍體重疊群進行聚類，將重疊群分配到不同的染色體上。

利用 Hi-C 數(shù)據(jù)的這兩個基本特性，可以將 Hi-C 測序數(shù)據(jù)應(yīng)用到基因組序列組裝和大型結(jié)構(gòu)變異檢測上。

參考:

[1] Lieberman-Aiden E, van Berkum N L, Williams L, et al. Comprehensive mapping of

long-range interactions reveals folding principles of the human genome[J]. Science,

2009, 326(5950) : 289-293.

[2] Belton J-M, McCord R P, Gibcus J H, et al. Hi-C: a comprehensive technique to

capture the conformation of genomes[J]. Methods, 2012, 58(3) : 268-276.

[3] Kaplan N, Dekker J. High-throughput genome sca?olding from in vivo DNA inter-

action frequency[J]. Nat. Biotechnol., 2013, 31(12) : 1143-1147.

[4]單倍體基因組序列組裝方法研究，哈爾濱工業(yè)大學(xué)，官登峰.

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