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科研代碼分享|診斷列線圖、校準(zhǔn)曲線、決策曲線和臨床影響曲線的構(gòu)建

2022-07-05 16:07 作者:爾云間  | 我要投稿

你知道嗎?生信文章已經(jīng)開(kāi)始大量使用列線圖、校準(zhǔn)曲線、決策曲線和臨床影響曲線了。今天小云教你用代碼做出SCI文章水準(zhǔn)的配圖!

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列線圖(Alignment Diagram),又稱諾莫圖(Nomogram圖)可以用于多指標(biāo)聯(lián)合診斷或預(yù)測(cè)疾病發(fā)病或進(jìn)展。它是建立在多因素回歸分析的基礎(chǔ)上,將多個(gè)預(yù)測(cè)指標(biāo)進(jìn)行整合,然后采用帶有刻度的線段,按照一定的比例繪制在同一平面上,從而用以表達(dá)預(yù)測(cè)模型中各個(gè)變量之間的相互關(guān)系,在疾病診斷和臨床實(shí)踐中也逐漸得到了越來(lái)越多的關(guān)注和應(yīng)用。

臨床決策曲線分析(Decision Curve Analysis, DCA)是一種評(píng)估臨床預(yù)測(cè)模型、診斷試驗(yàn)和分子標(biāo)記物的簡(jiǎn)單方法。傳統(tǒng)的診斷試驗(yàn)指標(biāo)如:敏感性,特異性和ROC曲線下面積僅測(cè)量預(yù)測(cè)模型的診斷準(zhǔn)確性,未能考慮特定模型的臨床效用,而 DCA的優(yōu)勢(shì)在于它將患者或決策者的偏好整合到分析中。而這種理念的提出滿足了臨床決策的實(shí)際需要,在臨床分析中的應(yīng)用日益廣泛。?

小云最近發(fā)現(xiàn)已有大量研究將列線圖、校準(zhǔn)曲線、決策曲線和臨床影響曲線應(yīng)用于生信文章,如下圖。這是來(lái)自Am J Transl Res的一篇IF > 4分生信文章。

但是具體要如何實(shí)現(xiàn)??? 今天,小編以代碼提供的數(shù)據(jù)為例進(jìn)行說(shuō)明。?

代碼具體包括:

Step1 輸入數(shù)據(jù)及診斷列線圖構(gòu)建

Step2建立校準(zhǔn)曲線(診斷曲線)

Step3決策曲線分析(DCA曲線分析)

Step4臨床影響曲線分析

下面是代碼中附帶數(shù)據(jù)逐步分析結(jié)果

Nomogram 診斷列線圖?

?dong-Nomogram ?線段式動(dòng)態(tài)諾莫圖
Calibration ?校準(zhǔn)曲線
DCA ?決策曲線
Clinical Impact Curve ?臨床影響曲線

神奇吧,就是如此簡(jiǎn)單,我們用的都是入門(mén)級(jí)函數(shù),稍微懂點(diǎn)R語(yǔ)言就能實(shí)現(xiàn)。

如需代碼及示例數(shù)據(jù)等文件,請(qǐng)掃碼聊天框回復(fù) “B11”領(lǐng)?。?/span>


科研代碼分享|診斷列線圖、校準(zhǔn)曲線、決策曲線和臨床影響曲線的構(gòu)建的評(píng)論 (共 條)

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