R|rTASSEL進(jìn)行基因組分析(一)

2023-03-29 23:37 作者:伏見(jiàn)鎖骨上的印記_ 0人讀過(guò) | 我要投稿

TASSEL可用于評(píng)估性狀關(guān)聯(lián)，進(jìn)化模式和連鎖不平衡。本文介紹的rTASSEL是利用R作為前端，使用TASSEL的分析能力以及R數(shù)據(jù)處理和解析功能進(jìn)行分析的R包。

1.安裝rTASSEL

????方法一：

????方法二：

????*方法二安裝出現(xiàn)報(bào)錯(cuò)

????????*rTASSEL安裝與運(yùn)行需要rJava，使用命令行安裝rJava（install.packages("rJava")）后繼續(xù)執(zhí)行上述命令。顯示DONE(rTASSEL)表示安裝成功。

2.運(yùn)行rTASSEL

3.讀取數(shù)據(jù)（演示使用rTASSEL中的數(shù)據(jù)進(jìn)行）

*內(nèi)置數(shù)據(jù)為279份樣品，3093個(gè)SNP位點(diǎn)

4.計(jì)算親緣關(guān)系

5.計(jì)算混合線(xiàn)性模型（MLM）

*結(jié)果包含三個(gè)文件

6.數(shù)據(jù)結(jié)果可視化繪制曼哈頓圖（Manhattan）

7.數(shù)據(jù)結(jié)果可視化繪制連鎖不平衡圖（LD）

預(yù)告：

1.繪制曼哈頓圖有專(zhuān)門(mén)的R包，如CMplot，qqman。

2.數(shù)據(jù)前處理，過(guò)濾最小等位基因頻率小于0.05的位點(diǎn)。

3.使用自己的數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。

……【后續(xù)想起來(lái)再補(bǔ)充】

文獻(xiàn)參考：

Bradbury PJ, Zhang Z, Kroon DE, Casstevens TM, Ramdoss Y, Buckler ES. (2007)TASSEL: Software for association mapping of complex traits in diverse samples.Bioinformatics 23:2633-2635.

Monier et al., (2022). rTASSEL: An R interface to TASSEL for analyzing genomic diversity. Journal of Open Source Software, 7(76), 4530,?https://doi.org/10.21105/joss.04530