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波多黎各政府為三權(quán)分立聯(lián)邦制：行政部門、立法部門、與司法部門。其中行政部門由民選總督領(lǐng)導(dǎo)（相當(dāng)于州長），也是波多黎各最高行政長官；立法部門為兩院制波多黎各立法議會，由參議院和眾議院組成；司法部門大法官由總督提名經(jīng)參議院同意任命。波多黎各司法體制為混合歐陸法系和英美法系，因?yàn)橹拔靼嘌罏闅W陸法系但美國則為英美法系?？偠胶妥h員為直接民選，每任任期四年。波多黎各共劃分為78個(gè)市（municipalities），分別選出自己的市長和市議會。

波多黎各政治定位

波多黎各仍為美國的一個(gè)「未合并領(lǐng)土」，但其人口數(shù)量超過其中的22個(gè)州（其它四個(gè)美國「未合并領(lǐng)土」的人口數(shù)量均小于人口最少的懷俄明州）。

2012年11月6日，波多黎各公投61%贊成成為美國第51州。這是舉行的類似公投中的第四次；前三次贊成建州者均未達(dá)到多數(shù)。此次公投由兩輪投票構(gòu)成。在第一輪中，波多黎各人就“在與美國關(guān)係上是否想改變現(xiàn)狀”進(jìn)行投票。180萬人具有投票資格，有6.5萬人放棄了第一輪投票，在參加投票的人中，54%的人支持改變關(guān)係。隨後，波多黎各人就如何作出改變進(jìn)行選擇，有“成為美國一州”、“擴(kuò)大自治權(quán)”和“完全獨(dú)立”三個(gè)選項(xiàng)供投票者選擇。在此輪投票中，只有130萬人進(jìn)行投票，最終61%的民眾支持成為美國第51個(gè)州，33%希望擴(kuò)大自治權(quán)，而僅有5%的人贊成完全獨(dú)立。但尚需美國國會通過才能真正成為一州。

波多黎各的現(xiàn)狀很難在短時(shí)間內(nèi)改變。長達(dá)一個(gè)世紀(jì)以上的美國管轄使得波多黎各在經(jīng)濟(jì)上嚴(yán)重依賴美國，其傳統(tǒng)拉丁文化和語言也嚴(yán)重美國化，更多人使用英語。老一代的獨(dú)立派幾乎絕跡，獨(dú)立派也已經(jīng)非常少。主流是維持現(xiàn)狀派和建州派。近幾年的經(jīng)濟(jì)衰退及糟糕的財(cái)政赤字又使得建州派增長迅速。惟波多黎各政府現(xiàn)在不穩(wěn)定的財(cái)政措施，以及瀕臨破產(chǎn)與經(jīng)濟(jì)蕭條，美國作為管理者並不想收入囊中，使得美國的波多黎各雖有加入意願，但建州的路趨於困難。

投票權(quán)

波多黎各人在美國總統(tǒng)大選同一日選出總督。島上的居民沒有美國總統(tǒng)投票權(quán)，移居美國本土的居民則擁有投票權(quán)。波多黎各人可以參與兩黨總統(tǒng)候選人的黨內(nèi)初選代表選舉。盡管美國公民移居海外者可以在外國的大使館等進(jìn)行缺席投票，但是任何美國人移居波多黎各后將喪失美國總統(tǒng)選舉投票權(quán)（等同波多黎各人）,除非以后再次回到本土居住。波多黎各選舉產(chǎn)生波多黎各居民代表，是波多黎各在美國眾議院的代表，僅有發(fā)言權(quán)而沒有表決權(quán)。

公民權(quán)

波多黎各的美國國籍是1917年美國國會通過的瓊斯法案（英語：Jones–Shafroth Act）的一個(gè)部分而給予波多黎各人的，是美國國會賦予美國法律在波多黎各的衍生。100年以來，實(shí)際操作上波多黎各的美國國籍與美國聯(lián)邦的美國國籍沒什么不一樣，但是理論上存在與美國憲法上賦予的屬于聯(lián)邦地區(qū)的公民權(quán)不一樣的可能性。當(dāng)時(shí)該法案是幫助美國招募島上男丁參加第一次世界大戰(zhàn)而產(chǎn)生的。由于理論上波多黎各的美國公民權(quán)是美國國會賦予而不是美國憲法賦予，使得是否存在國會可以在將來剝奪波多黎各的美國公民權(quán)之可能性存在爭議。1998 Jennifer Efron 入稟美國最高法院來確認(rèn)其出身在波多黎各的人的美國籍是否是可以被撤銷的。美國最高法院最后不出意料的拒絕審理此案。類似的法案來自美國關(guān)島和美屬薩摩亞等其他領(lǐng)地也被最高法院拒絕審理而不置可否。考慮到在美國出生的波多黎各人已經(jīng)比在島上的波多黎各人口多很多倍，且他們都有國會和總統(tǒng)投票權(quán)，使得這種爭議的結(jié)果在將來實(shí)際發(fā)生可能性微乎其微。該爭議最終會以將來波多黎各加入美國聯(lián)邦或獨(dú)立而解決，但是可能需要很長時(shí)間。