洪武二十五年（1392年）太子朱標(biāo)為遷都之事視察完陜西返回后，因風(fēng)寒病逝，享年37歲。朱元璋晚年喪子，悲痛欲絕。同年，朱元璋立朱標(biāo)次子朱允炆為皇太孫，當(dāng)時(shí)朱允炆才15歲。

洪武二十六年（1393年），錦衣衛(wèi)指揮使參奏藍(lán)玉謀反，朱元璋隨即令人將其拿下，并由吏部審訊。三天后，朱元璋將藍(lán)玉處死，爾后是大規(guī)模的清洗和株連。

藍(lán)玉下獄后，獄詞稱同景川侯曹震、鶴慶侯張翼、舳艫侯朱壽、定遠(yuǎn)侯王弼、東莞伯何榮及吏部尚書詹徽、戶部侍郎傅友文等謀反。受此案株連被株連的人，僅列入《逆臣錄》的就有兩萬五千人。

“胡藍(lán)之獄”后，明太祖意尚未足，過了年余，潁國公傅友德，奏請(qǐng)給懷遠(yuǎn)田千畝，非但不準(zhǔn)，反將他賜死。定遠(yuǎn)侯王弼，又奉詔賜死。宋國公馮勝亦被賜死。

經(jīng)過幾次黨獄，明初的功臣大量被殺，間接導(dǎo)致了明太祖死后靖難之役中朝廷無可派之將。

洪武三十一年，朱元璋駕崩，死前密命駙馬梅殷（寧國公主之夫）輔佐新君，遺詔命皇太孫朱允炆繼位。