當運動神經(jīng)元病患者病情發(fā)展到下運動神經(jīng)元受損時，它所支配的肌纖維由于失去神經(jīng)支配的營養(yǎng)作用，逐漸變性萎縮，表現(xiàn)為肌容積不斷變小，而上運動神經(jīng)元受損時，由于肌纖維仍受下運動神經(jīng)元的營養(yǎng)，故不萎縮，但因功能下降，活動減少，亦會出現(xiàn)廢用性肌萎縮。當患者骨胳肌失神經(jīng)支配后，肌細胞膜可出現(xiàn)多種改變，如膜靜息電位下降約10mV致膜興奮性增高，神經(jīng)肌肉接頭以外的地方出現(xiàn)AChR(乙酰膽堿受體)，反映出肌膜對ACh (乙酰膽堿)的敏感性增高，出現(xiàn)纖維性顫動（俗稱肌跳）。人的肌肉在失神經(jīng)支配后1-3周即可產(chǎn)生肌纖維顫動。失神經(jīng)支配的肌纖維仍有接受其他神經(jīng)支配的能力，雖然這種變化的性質(zhì)尚不清楚，但具有重要意義。在失神經(jīng)支配的肌纖維周圍，一些殘存的神經(jīng)纖維能夠發(fā)出側(cè)支，重新支配失神經(jīng)支配的肌肉，使之恢復功能。

而患者還會出現(xiàn)語言不清等問題，因為語言功能的完成需不同肌肉協(xié)同完成，包括頜的張開和閉合（第Ⅴ腦神經(jīng)），面部和唇的運動（第Ⅶ腦神經(jīng)），軟腭抬高、聲帶外展、喉活動、咽縮?。ǖ冖?、Ⅹ和Ⅺ腦神經(jīng)）以及呼吸肌。當上述神經(jīng)核和肌肉受累后即可出現(xiàn)說話不清，表現(xiàn)為言語含糊不清，講話帶鼻音，聲音嘶啞，語聲低等。

這類患者發(fā)展到后期還會出現(xiàn)吞咽困難、呼吸困難。因為吞咽功能的完成亦需要面、頜、舌、軟腭、咽和喉等肌肉的協(xié)同動作，當支配不同肌肉的神經(jīng)受損時出現(xiàn)對應的肌肉萎縮，則可出現(xiàn)吞咽困難，表現(xiàn)為食物向口腔后部推動困難，食物滯留在喉部或頰部，液體返流至鼻腔，甚至出現(xiàn)食物吸入氣道，出現(xiàn)嗆咳，嚴重時導致窒息。?運動神經(jīng)元病出現(xiàn)呼吸困難并非肺及氣管本身的病變，而是由于主肺呼吸的肌肉出現(xiàn)萎縮，此肌肉主要有肋間肌、膈肌和腹部肌。早期表現(xiàn)為活動后氣短，不能平臥位睡眠，側(cè)臥位時方顯舒適，后期則出現(xiàn)張口呼吸，講話斷續(xù)，不能臥位休息。