（推薦使用conda管理生信軟件，能省不少精力，完全沒必要像下面這樣折騰）

簡(jiǎn)單記錄一下非conda下載安裝bowtie2并配置環(huán)境

安裝好VMware Workstation 并在虛擬機(jī)上安裝Ubuntu

打開Terminal? 打開桌面路徑

wget從網(wǎng)絡(luò)獲取bowtie2最新版本（我個(gè)人學(xué)習(xí)的時(shí)候安裝過2.2，現(xiàn)在安裝好的是2.3.5.1，不過現(xiàn)在已經(jīng)有2.4版本了，區(qū)別應(yīng)該不會(huì)很大……）

下載完成后可以在桌面看到下好的壓縮包“download”

解壓，因?yàn)槭莦ip文件，用unzip命令，解壓得到文件夾

cd進(jìn)去列一下可以看到bowtie2的運(yùn)行腳本，解說文件，還有例子可以用來練習(xí)使用

bwa安裝比較簡(jiǎn)單，直接make命令，但是bowtie2需要去配置環(huán)境

pwd查看當(dāng)前路徑，復(fù)制

我們需要將bowtie2的路徑加到環(huán)境變量中去，讓計(jì)算機(jī)能夠找到這個(gè)命令在哪

將路徑添加到 ~/.bashrc? ，可以先用cat看一眼

添加方法有兩個(gè)，第一個(gè)是用vim編輯器編輯

回車執(zhí)行后默認(rèn)進(jìn)入命令模式，按shift+g（大寫G）光標(biāo)移動(dòng)到最下面，按 '?i ' 或 ' a ' 進(jìn)入編輯模式，輸入

export PATH=$PATH:"#(剛剛復(fù)制的bowtie2所在的路徑）"

按esc轉(zhuǎn)換到命令模式，按 ' ：'?進(jìn)入末行?'?wq ' 保存退出（千萬別打 ' ! ' ,強(qiáng)制退出運(yùn)行掛起了），或者按 ' :x ' 。

vim編輯退出的時(shí)候容易出問題，操作失誤可能導(dǎo)致整個(gè)環(huán)境變量變得不可用，到時(shí)候一個(gè)命令也用不了，全部顯示“command ‘xx’ not found” 這時(shí)候就只能打gg了

所以推薦另一個(gè)方式，echo命令，直接在 .bashrc里面的最后一行加上

cat命令打開查看可以看到最下面有剛剛加進(jìn)去的路徑

重新登錄或輸入" source ~/.bashrc"就可以使用bowtie2了

conda下安裝很簡(jiǎn)單??

下載安裝好conda后，直接“ conda install? -y? bowtie2”，不用配置環(huán)境，很方便。

ps：計(jì)算機(jī)小白先是不理解什么是環(huán)境，接著用vim誤操弄的所有命令全都用不了只好重裝系統(tǒng)（至今不知道是啥原因只知道.bashrc很重要不能瞎改），總算是成功裝載上了，各種參數(shù)完全不知道是啥意思，慢慢研究……

水平有限，問就是不會(huì)。