每日科研進(jìn)展l2022.08.06l利用RNA-Seq技術(shù)研究HvβCOPIdsRNA處理茄28星瓢蟲后脫靶效應(yīng)
RNA 干擾 (RNAi) 技術(shù)中使用的雙鏈 RNA (dsRNA) 的特異性對于序列特異性基因沉默的成功至關(guān)重要。目前，RNAi介導(dǎo)的昆蟲控制是害蟲防治研究的一個趨勢。然而，dsRNA 在 RNAi 中的脫靶效應(yīng)是一個主要的制約因素。在這項研究中，比較了茄 28 星瓢蟲的 dsHvβ'COPI處理和未處理的轉(zhuǎn)錄組，以了解其沉默效應(yīng)帶來的脫靶效應(yīng)。?RNA-Seq 結(jié)果顯示，與對照組相比，dsHvβ'COPI 處理組中分別有 63 和 44 個差異表達(dá)基因 (DEG) 上調(diào)和下調(diào)（圖 1）。
通過逆轉(zhuǎn)錄定量 PCR (RT-qPCR) 分析驗(yàn)證了一些選定的 DEG 的差異表達(dá)，證實(shí)了轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果的可靠性。進(jìn)一步的下游分析表明，在茄?28?星瓢蟲中沒有與 Hvβ'COPI 同源的基因。此外，在茄?28?星瓢蟲轉(zhuǎn)錄組中沒有發(fā)現(xiàn)與 dsHvβ'COPI 連續(xù)匹配 >11 bp 的基因。選擇了可能參與茄 28 星瓢蟲的各種代謝途徑的6 個基因（Hvcitron、Hvhelicase、Hvtransposase、Hvserine、Hvdynein 和 HvE3 泛素）來檢查 dsHvβ'COPI 的脫靶活性(圖 2）。
通過使用 RNAi 評估沉默這六個脫靶基因的嚴(yán)重程度。RNAi 結(jié)果證實(shí)了這 6 個基因的表達(dá)均下調(diào)，但是沒有顯著的致死性（圖 3）。本研究的結(jié)果將有助于未來 RNAi 介導(dǎo)的害蟲防治實(shí)驗(yàn)的風(fēng)險分析。
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https://doi.org/10.1016/j.jia.2022.07.015
