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Homer是干嘛的？

HOMER是一套基于 C++ 和 Perl 語言的用于 motif 查找和二代數(shù)據(jù)分析的工具，一般需要兩個序列作為參數(shù)：

● 參考序列：hg19、mm10 等基因組序列、promoter 序列、自定義的 FASTA 序列

● 所要分析的序列：DNA 或 RNA 序列

HOMER 適用于在大規(guī)模數(shù)據(jù)中尋找 DNA 或 RNA 序列的 motif。


?那什么是 motif 呢？

motif：反復(fù)出現(xiàn)的模式，即一種特征序列，比如 sequence motif, structure motif, network motif。它有或者可能有一定的生物學(xué)功能。


具體分析步驟

3.1 linux配置新環(huán)境

conda create -n work puthon=3.8

conda activate work

3.2 homer安裝

conda install -c bioconda homer

##下載configureHomer.pl

wget http://homer.ucsd.edu/homer/configureHomer.pl

##使用configureHomer.pl配置Homer

perl configureHomer.pl -install ?

perl configureHomer.pl -install mm10

3.3 homer分析

3.3.1 Analyzing lists of genes with promoter motif analysis (findMotifs.pl)

############尋找基因列表啟動子上的motif富集

findMotifs.pl 3v3135F15Q001gene.txt mouse /public/home/wjiang/zhan/work/homer/testdata -len 10

3.3.2 Analyzing genomic positions(findMotifsGenome.pl)

####輸入為bed文件，主要是chip-seq數(shù)據(jù)通過macs2 callpeak產(chǎn)生narrowPeak文件，需要首先處理一下。

awk '{print $4"\t"$1"\t"$2"\t"$3"\t+"}' chirp_06ab_peaks.narrowPeak > chirp_06ab_homer.bed

for i in *_homer.bed;do j=${i%_homer.bed}; bsub -J macs2p -e %J.err -o %J.out -R span[hosts=1] -n 1 "findMotifsGenome.pl $i mm10 $j -len 8,10,12";done

3.3.3 Analyzing custom FASTA files (findMotifs.pl, homer2)

homers的說明文檔：recommended that you have both target and background sequences, and in each case you should have several (preferably thousands) of sequences in each set that are roughly the same length。

需要目的和背景基因的序列，所以這個一般用的比較少一些。

3.3.4 Analyzing data for RNA motifs (findMotifs.pl/findMotifsGenome.pl)

####和尋找DNA序列的motif區(qū)別在于：使用 findMotifs.pl和 findMotifsGenome.pl時，要加上 “-rna”參數(shù)，從而只尋找RNA+鏈的motif，并且匹配/顯示U而不是T。

#######注意！HOMER尚未包含“RNA motif”列表，所以不支持“已知motif”的分析。如果使用FASTA文件格式，請在輸入文件中使用T（DNA編碼）。

# 獲取目標序列在人類mRNA上聚集的motif

findMotifs.pl genes.txt mouse MotifOutput/ -rna -len 8

# 分析CLIP-Seq for RNA motifs

findMotifsGenome.pl fox2.clip.bed hg17 MotifOutput -rna

3.3.5 Scanning for motif across the entire genome (scanMotifGenomeWide.pl)

scanMotifGenomeWide.pl pu1.motif mm9 -bed > pu1.sites.mm9.bed

########這個的話，其實用MEME數(shù)據(jù)庫中的FIMO效果更好一些

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