爾云間? 一個專門做科研的團隊

歡迎點贊+收藏+關(guān)注

生信人R語言學習必備

立刻擁有一個Rstudio賬號

開啟升級模式吧

（56線程，256G內(nèi)存，個人存儲1T）

小果來嘍，大家最近在做什么生信分析呢？小果最近在做單細胞轉(zhuǎn)錄組分析的細胞注釋部分，今天就和大家分享一下。

單細胞轉(zhuǎn)錄組注釋一直是單細胞RNA測序分析中的重要步驟之一。細胞注釋有多種方法，可以人工注釋，也可以自動注釋。SingleR的出現(xiàn)使得單細胞數(shù)據(jù)的注釋變得更加快捷、精確和可靠。同時，SingleR也為后續(xù)的單細胞轉(zhuǎn)錄組分析提供了更為準確和具體的細胞身份信息。

SingleR是什么呢？

SingleR是一種用于單細胞轉(zhuǎn)錄組注釋的自動化方法，是基于R使用的一個工具。它使用參考數(shù)據(jù)集中的基因表達模式來預(yù)測每個單細胞在不同類型和狀態(tài)下的細胞身份，從而實現(xiàn)對單細胞數(shù)據(jù)進行注釋。

SingleR的基本思路是將待注釋的單細胞數(shù)據(jù)與大規(guī)模參考數(shù)據(jù)庫進行比較，分析其共性和差異性，從而得到最優(yōu)的細胞身份注釋。SingleR所使用的參考資料包括 HPA、ImmGen 和 Blueprint 等公開的 scRNA-seq 數(shù)據(jù)庫。SingleR的優(yōu)點在于快速、簡單、有較高的準確性。此外，它不需要用戶對注釋進行手動干預(yù)，避免了人為因素對結(jié)果的影響。

這里小果使用的是seurat分析的pbmc數(shù)據(jù)，原數(shù)據(jù)是從10X Genomics網(wǎng)站上免費獲得的外周血單個核細胞（PBMC）數(shù)據(jù)集，可以在此鏈接下載https://cf.10xgenomics.com/samples/cell/pbmc3k/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz。經(jīng)過數(shù)據(jù)預(yù)處理、降維聚類后，進行注釋。

原數(shù)據(jù)的處理代碼如下：

我們可以看到，SingleR將此數(shù)據(jù)注釋成了7大類，分別用不同顏色標識。

?

最后，小果給大家介紹一個在線小工具：基于基因功能注釋信息挖掘關(guān)鍵作用基因（http://www.biocloudservice.com/122/122.php），簡單好用，大家記得用起來哦。

“生信果”，生信入門、R語言、生信圖解讀與繪制、軟件操作、代碼復現(xiàn)、生信硬核知識技能、服務(wù)器、生物信息學的教程，以及基于R的分析和可視化等原創(chuàng)內(nèi)容，一起見證小白和大佬的成長。