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? ? ? ?最近在整理大家留言時，小薇發(fā)現(xiàn)，偶爾會有小伙伴在做國自然和SCI實驗設計時，會因為不確定某個基因和某個通路的關系而無從下手。

今天小薇就給大家提供一個可以快速查詢基因和通路關系的方法，可以一定程度上節(jié)省大家的試錯成本，有需求的小伙伴們快看過來哦~

#01

首先我們先打開GeneCards(www.genecards.org/)并檢索目標基因，以FOXP2為例，在檢索結果中選擇pathways進行快速定位后可以查看與該基因有關的

通路。

#02

如果想要研究的目標通路不在列表中，我們還可以進一步探究候選基因和目標通路內的基因之間的關系。為了節(jié)省時間，我們可以從GeneCards首頁中快速跳轉至PathCards，對目標通路進行檢索（以MAPK信號通路為例），并獲取參與目標通路的所有基因列表。

#03

接下來我們打開STRING數(shù)據(jù)庫（https://string-db.org/），將FOXP2和上面的基因列表輸入，分析完成后下載結果文件，在Excel中篩選與FOXP2互作的蛋白。

#04

如果還想探究候選基因和目標通路中的基因在某個腫瘤中的共表達關系，我們可以借助cBioPortal數(shù)據(jù)庫（www.cbioportal.org/）。選擇想要分析的疾病隊列（以乳腺癌的TCGA

隊列為例），并輸入候選基因后，點擊Co-expression模塊獲取基因的共表達關系。在結果列表中，我們可以選擇下載數(shù)據(jù)，并在Excel表格中篩選目標通路中的基因共表達關系，并根據(jù)需求設定相關系數(shù)的閾值。

在本示例中，我們以p<0.05和r>0.5為閾值，在乳腺癌中篩選到與FOXP2共表達的MAPK通路基因共8個。

看到這里大家是不是覺得了解基因和通路的關系也并不復雜，除了檢索文獻外，花幾分鐘在數(shù)據(jù)庫中進行查詢，也可以獲得不少有價值的數(shù)據(jù)。

小伙伴們還不快學起來，有實驗設計需求時會更得心應手~小薇也歡迎大家多多留言和私信有關生物、醫(yī)學科研的任何疑惑，我們會及時為大家答疑，并且匯總一些共性的問題進行分享哦！