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TCGA數(shù)據(jù)下載的方式有很多，本次我們利用UCSC Xena數(shù)據(jù)庫(kù)下載數(shù)據(jù)。該平臺(tái)內(nèi)置了一些公共數(shù)據(jù)集，比如來(lái)自TCGA, ICGC等大型癌癥研究項(xiàng)目的數(shù)據(jù)，不僅可以對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，而且還提供了對(duì)應(yīng)文件的下載功能。

1.???? 網(wǎng)頁(yè)打開界面如下，選擇datasets，里面有很多數(shù)據(jù)集

2.???? ?打開后，可以看到各種UCSC數(shù)據(jù)庫(kù)提供的數(shù)據(jù)集，從中選擇所需的腫瘤

3.? ? ??如本次選擇使用的為STAD數(shù)據(jù)

4.? ?選擇后即可看到相應(yīng)的轉(zhuǎn)錄組和臨床等信息，如紅框標(biāo)出的依次為FPKM轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)、樣本臨床信息、樣本預(yù)后信息，依次打開即可下載

5.???? 接著我們選擇HTSeq-FPKM，這里可以看到值log2（fpkm+1），為什么加一呢，因?yàn)楹芏嗷虻谋磉_(dá)值是0，無(wú)法取log。

下載下來(lái)，解壓后打開是這個(gè)樣子

6.???? 可以看到，我們需要對(duì)ID進(jìn)行轉(zhuǎn)換，轉(zhuǎn)換的方法也有很多，有R包，在線數(shù)據(jù)庫(kù)。小工具等，這里我們使用數(shù)據(jù)庫(kù)自帶的注釋文件來(lái)進(jìn)行轉(zhuǎn)換

下載下來(lái)，解壓后打開是這個(gè)樣子

現(xiàn)在我們就可以利用R語(yǔ)言讀取數(shù)據(jù)，對(duì)ID進(jìn)行轉(zhuǎn)換，得到我們的分析數(shù)據(jù)了

下面是代碼中數(shù)據(jù)處理的部分結(jié)果

免疫浸潤(rùn)也是近幾年腫瘤研究的一個(gè)重要方向?，F(xiàn)在有了TCGA腫瘤數(shù)據(jù)，如何進(jìn)行免疫浸潤(rùn)分析？熱門文獻(xiàn)中免疫浸潤(rùn)分析是什么樣的？我們自己能不能做得出來(lái)？免疫浸潤(rùn)分析的相關(guān)工具和數(shù)據(jù)庫(kù)到底有哪些，又該如何使用？

如需代碼及示例數(shù)據(jù)等文件，請(qǐng)掃碼聊天框回復(fù) “B23”領(lǐng)?。?